Ο Γιάννης Κότσιρας είναι παντρεμένος με την Κατερίνα Πέρρου και πατέρας δύο αγοριών, του Νικόλα και του Κωνσταντίνου.
Ο ίδιος προτιμά να κρατά την προσωπική του ζωή μακριά από τα φώτα της δημοσιότητας ενώ σπάνια θα δείξει τους γιους του.
Γιάννης Κότσιρας | Η σπάνια φωτογραφία με τον γιο του, Νικόλα
Σε πρόσφατη συνέντευξη του είχε αναφέρει πως:
"Επιτέλους νιώθω μια ευτυχία και μια πληρότητα λόγω της οικογένειάς μου. Από τη στιγμή που έγινα πατέρας οι προτεραιότητές μου έχουν αλλάξει 100%. Δεν υπάρχει κάτι που να μην έχει αλλάξει. Ακόμα και την δουλειά μου έχω αφήσει πίσω. Ο πατέρας μου ήταν ναυτικός, έφευγε μεγάλα χρονικά διαστήματα , μου έλειπε πάρα πολύ. Το κουβαλάω μέσα μου. Δεν θέλω λοιπόν να ζήσουν τα παιδιά μου αυτή την έλλειψη".
Με αφορμή την γιορτή του πατέρα, ο Γιάννης Κότσιρας δημοσίευσε μια φωτογραφία που είναι όλοι μαζί, αγκαλιά καθώς είναι ο λόγος που γιορτάζει κάθε μέρα:
"Και να 'μαι μεγάλωσα κι άλλαξα.
Ο μπαμπουλίτσος με τα τσιριπίκια του".